1398 год. Основатель Ферапонтова монастыря монах Ферапонт прибыл вместе с Кириллом из Симонова монастыря, поселился с ним на берегу Сиверского озера. Однако уже через год он отделился от Кирилла и основал свой монастырь в двадцати километрах к северо-востоку от Кириллова, среди живописной местности, на невысоком холме между Бородавским (теперешним Ферапонтовским) и Паским озерами.
1408 год. Ферапонт был вызван князем Андреем Дмитриевичем, младшим братом Московского великого князя Василия, в Можайск для основания там нового монастыря, известного под именем Лужецкого.
1435 год. В обитель Ферапонта пришел преподобный Мартиниан, ученик Кирилла Белозерского - человек, положивший начало всероссийской известности обители, установивший здесь общежительный устав.
1447 год. Князь Василий II Темный посетил Ферапонтов монастырь и получил благословение Мартиниана на поход против овладевшего Москвой Димитрия Шемяки
1489 год. Новгородский архиепископ Геннадий, которому для борьбы с еретиками потребовались редкие по тому времени церковные книги, послал за ними в Ферапонтов монастырь.
1490 год. Был построен каменный собор Рождества Богородицы. На экспозиции представлены строительные материалы, использовавшиеся при его сооружении.
1502 год. Собор был расписан Дионисием с сыновьями, тогда же ими был устроен иконостас.
Середина XVI века. Монастырь уже имел несколько каменных зданий: собор, трапезную, казенную палату.
1550 год. Мартиниан причислен к лику святых, наряду с Ферапонтом считался впоследствии покровителем монастыря.
1614 год. Когда Ферапонтов монастырь захватили казацкие отряды, его постройки подверглись сравнительно малому разорению. Однако экономический упадок, связанный с литовским нашествием, задержал дальнейшие строительные работы более чем на два десятка лет.
1640-е года. Относительно кратковременный период нового подъема монастыря, вызвавший оживление каменного строительства.
1666 - 1676 года. Сосланный сюда после низложения его церковным собором, Никон не хотел считаться со своим падением и требовал воздаяния себе патриаршеских почестей. Также немало способствовало разорению монастыря.
1676 год. После смерти Алексея Михайловича, положение Никона в монастыре резко ухудшилось. Патриарх Иоаким, его давний враг, предъявил ему многочисленные обвинения, в числе которых было и обвинение в сношениях с посланцами Степана Разина. Никона перевели под усиленный надзор в Кириллов монастырь, где он пробыл еще пять лет, почти до самой смерти.
1798 год. Монастырь упразднили, а церкви сделали приходскими.
1857 год. Вместо деревянных монастырских стен их обнесли невысокой оградой, частично сохранившейся до сего времени.
1904 - 1924 года. Монастырь был возобновлен как женский, но вскоре закрыт.
1908 - 1915 года. В монастыре проводились значительные восстановительные работы, завершенные уже в 1920-е годы.
1918 год. Музей в Ферапонтове возник как часть Кирилло-Белозерского музея-монастыря.
1975 год. Он получил статус филиала и свое современное название - Музей фресок Дионисия.
1997 год. В составе Кирилловского музея Музей фресок Дионисия включен в свод особо ценных объектов историко-культурного наследия народов Российской Федерации.
Конец 2000 года. Ансамбль Ферапонтова монастыря с росписями Дионисия был включен в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.