Музей в Тобольске является одним из старейших музеев в Сибири. Основателем музея в 1870 году был Иван Юшков — энтузиаст, знаток этнографии и истории края. В новом здании музея, открытом 10 апреля 1889 года, размещались следующие разделы: этнографический, естественноисторический, археологический, общеобразовательный и промышленный. С 1891 года музею покровительствовал Николай II. С 1925 года музей располагается в здании Архиерейского дома, который находится на территории Кремля. В 1961 году ему был присвоен статус Государственного историко-архитектурного музея-заповедника, в составе которого 33 федеральных объектов. Музей располагает ценными коллекциями палеонтологии, археологии, рукописных и старопечатных книг, этнографии, художественной резьбы по кости, фотодокументов и предметов, принадлежавших царской семье.