Заповедник на южном побережье Байкала был создан в сентябре 1969 года во исполнение Постановления Правительства РСФСР. Инициатива создания заповедника принадлежала Н.Т.Антоненко, большому энтузиасту охраны природы Бурятии, и сотрудникам Баргузинского заповедника под руководством А.И.Ткаченко, кандидата сельскохозяйственных наук, лесоведа. Заповедник занимается охраной естественного состояния уникального природного комплекса Южного Прибайкалья и изучением динамики природных процессов, которые протекают без непосредственного вмешательства человека.