Музей входит в состав биолого-почвенного факультета Иркутского государственного университета. Он был основан в 1997 году совместными усилиями сотрудниками кафедры микробиологии ИГУ при содействии Института геохимии Сибирского отделения РАН. Музей открылся в 2002 году в здании ИГУ.
Основное предназначение музея — сохранение генофонда и сбор редких штаммов микроорганизмов, которые представляют научно-исследовательскую и практическую ценность, а также наглядное сопровождение учебного и познавательного процесса, научно-исследовательская работа. Музей освещает многообразие микроорганизмов и их роль в жизнедеятельности природы. В музее имеются разделы пищевой, медицинской, и экологической микробиологии, применения микроорганизмов в биотехнологии, истории развития и становления кафедры микробиологии в ИГУ.
