Месторасположение музея на притоке Оби выбрано не случайно. Основные экспозиции музея связаны с рекой, так как развитие края, его заселение происходило благодаря развитию судостроения и судоходства. Здесь представлены редчайшие модели деревянных судов XVII-XX вв., старинные фотодокументы по судоходству на Оби, настоящие детали русского коча первой половины XVII ст. Музей также освещает историю, материальную и духовную культуру коренных народов, знакомит с природой края.