История возникновения музея в Новоалтайске началась в шестидесятые годы XX столетия, когда усилиями школьников и взрослых энтузиастов были собраны ценные материалы, отражающие историю соседних населенных пунктов.
Для создания музея много сделал Василий Яковлевич Марусин (1914 — 1983гг.), почетный гражданин Новоалтайска, кавалер ордена Ленина. Еще, будучи директором школы, он организовывал с ребятами походы по окрестностям, во время которых осуществлялся сбор интереснейших экспонатов. Большой интерес вызывает объемная панорама Белоярской крепости, представленная в музее, а также экспозиции старины и современности.